St. Marien ist eine Territorialpfarrei. Ihr Gebiet umfasst weite der Teile der Basler Alt- und Innenstadt mit dem Quartier «Am Ring», es ragt aber auch ins Bachletten- und Gotthelfquartier hinein. Ursprünglich gehörten auch die Territorien von Allerheiligen und St. Anton dazu. Beide Kirchen sind Affiliationen von St. Marien. 

Zur Pfarrei gehören heute etwas über 2500 Gläubige, die zu einem Teil auch in der grossen Anzahl von Altersheimen auf dem Territorium wohnen. Zum Territorium gehört auch die Universität sowie der Sitz des Jesuitenordens in Basel, das Borromäum. Zur katholischen Universitätsgemeinde (KUG) wie zum Jesuitenorden bestehen langjährige Verbindungen.

Die Pfarrei St. Marien zeichnet seit langem drei Schwerpunkte aus: eine sorgfältig ausgestaltete Liturgie, eine auf höchstem Niveau praktizierte Kirchenmusik und eine nachhaltige Erwachsenenbildung. Hierin erkennt sie im Vergleich zu aller anderen Basler Pfarreien ihr Charakteristikum. Die Kirchenmusik wird vom Kirchenmusiker und dem Gesangchor von St. Marien gepflegt; etwa einmal pro Monat wird eine Orchestermesse innerhalb der Sonntagsmesse zur Aufführung gebracht. Die Erwachsenenbildung konkretisiert sich in den sogenannten «Monatsvorträgen» durch Vorträge von spirituellem und wissenschaftlichem Gehalt. 

In der Seelsorge liegt ein starkes Gewicht auf der Betreuung älterer Menschen, eingedenk der Tatsache, dass sich eine hohe Anzahl von Altersheimen auf dem Gebiet der Pfarrei befinden.